2001年，全市乡镇行政区划进行了较大调整。全市调减乡镇22个。其中：丹阳市调减乡镇6个，分别为云阳、大泊、荆林、前艾四镇合并为云阳镇，胡桥镇、埤城镇并为埤城镇，建山镇、后巷镇并为后巷镇，云林镇、珥陵镇并为珥陵镇；丹徒县调减乡镇3个，分别为石马乡、高资镇并为高资镇，石桥镇、姚桥镇并为姚桥镇，西麓、三山二镇合并为谷阳镇；句容市调减乡镇5个，分别为石狮镇、华阳镇并为华阳镇，亭子镇、下蜀镇并为下蜀镇，三岔乡、二圣镇并为二圣镇，茅西镇、后白镇并为后白镇，磨盘乡、天王镇并为天王镇；扬中市调减乡镇5个，分别为丰裕镇、三茅镇并为三茅镇，联合镇、新坝镇并为新坝镇，三跃镇、兴隆镇并为兴隆镇，长旺镇、油坊镇并为油坊镇，永胜镇、八桥镇并为八桥镇；京口区调减乡镇1个，为汝山乡、丹徒镇并为丹徒镇；润州区调减乡镇2个，分别为韦岗镇、蒋乔镇并为蒋乔镇，撤销金江乡建制，原辖区划归和平路街道办事处管辖。调整后，全市共有77个乡镇（街道），其中，街道办事处10个、乡1个、镇66个。丹阳市辖23个镇，丹徒县辖14个镇，句容市辖17个镇，扬中市辖6个镇，京口区辖2个镇、1个乡、4个街道办事处，润州区辖3个镇、4个街道办事处。1998年设立镇江新区，辖1个镇、2个街道办事处。
