以崇明为核心的三岛发展定位已确定：崇明岛将综合体现“长江入口绿色之岛、人与自然和谐发展”，建成综合生态岛；长兴岛将建成以现代船舶和港机制造为特色的海洋装备岛；横沙岛则将成为以休闲度假为特色的生态休闲岛。
在这一定位下，如何协调崇明三岛的生态保护和经济发展，成为一个国际性大都市实现跨越式可持续发展的大课题。民建上海市委在连续5年跟踪崇明开发调研的基础上，提交了《关于以循环经济为导向，扎实推进上海生态岛群联动发展的若干建议》，提出“支持生态岛发展，科技力量是关键”。
早在2000年至2002年，民建上海市委就建议崇明要根据区位优势形成产业特色，主委黄关从在2002年市政协大会发言中提出了三岛要联动发展的总体思路。2003年，民建上海市委受邀参与市政协“崇明的发展定位”课题组。当时，为配合黄浦江两岸综合开发，位于上海市内的造船工业基
地将逐步搬迁到长江水域的上海陆岛岸线。船舶工业的进入会否影响崇明三岛的生态保护？民建课题组在走访中发现相关部门的意见并不一致。环保部门认为，传统船舶工业污水排放率达90%，油漆和喷沙除锈污染严重，不支持船厂上岛；市经委造船科研部门的专家却提出，新建的外高桥造船基地利用环保新技术，已经证明了现代绿色造船理念的可行性，因此，在崇明、长兴二岛发展类似的现代船舶工业对生态环境不会造成明显影响。
面对两种不同的意见，民建课题组实地考察了外高桥造船基地，结果发现实际情况与市经委造船科研部门专家介绍的情况基本相符；而国家环保总局也在《关于上海外高桥造船基地环境影响报告书审批意见的复函》中对现代船厂的环保化发展作出了肯定。
在充分调研的基础上，民建课题组最后在向市政协提交的报告中提出：崇明、长兴二岛可以发展现代环保治理型绿色造船产业，但应严格限制修船业的发展。如今，充分体现环保理念的绿色船舶基地已在崇明安家落户，证明了在现代科技和环保理念的支撑下，生态与生产并不总是一对不可协调的矛盾。
在循环经济理念的指导下，民建课题组今年再度对崇明发展进行调研，发现生态经济的投入相当高，一定程度上降低了它对投资者的吸引力。生态岛要实现人与自然和谐发展，解决自供能源是一个关键；但按本市电力和规划部门预测，到2020年三岛用电负荷约120万千瓦，而目前每万千瓦风力发电设备投资约需要9600万元，因此全部以风力绿电供应三岛，其前期设备投入十分惊人。
民建课题组认为，要解决这一问题，只有依靠科技力量的提升。以能源为例，崇明可以大力发展多元化可再生循环型生态能源，包括太阳能、生物质能、潮汐能、湿地能、波浪能和垃圾资源发电能。但是，这些能源的开发利用需要吸纳整合全市、全国乃至全球的科技力量。
目前，市政府有关部门已会同崇明县在岛上创立了上海市生态研究中心，复旦、上海交大、同济、华东师大和市科技创业中心的科研力量已经入驻，民建市委也与崇明县签约合作，牵头引入了相当一批有实力的企业。
