《办法》规定， 禁止400总吨以下内河船舶向内河水域排放含货油残余物的油污水、残油（油泥）、含有毒液体物质的污水和船舶垃圾；禁止船舶在饮用水水源保护区、京杭运河、漓江及其他要求禁止生活污水排放的水域排放生活污水。

客运船舶产生的剩油、剩菜、汤水等餐饮污水按厨余垃圾管理，船舶应当将其收集后送交接收设施。含有毒有害物质或者其他危险成分的垃圾按有害垃圾管理，船舶应当将其送交具有相应能力的接收单位，并提前向接收单位提供其所含危险物质的名称、性质和数量等信息。医务室垃圾按有害垃圾管理，船舶应当将其消毒后储存，并送交具有相应能力的接收单位。

此外，《办法》提出，100总吨及以上的船舶以及经核定许可载运15人及以上且单次航程超过2公里或者航行时间超过15分钟的船舶，应当持有《船舶垃圾管理计划》和经海事管理机构签注的《船舶垃圾记录簿》，并将有关垃圾收集处理情况如实、规范地记录于《船舶垃圾记录簿》中。《船舶垃圾记录簿》应当随时可供检查，使用完毕后在船上保留2年。